கல்முனை அல்-பஹ்ரியா மகா வித்தியாலயம் கிழக்கிலங்கையின் அம்பாறை மாவட்டத்தில், கல்முனை நாகூர் ஆண்டகை தர்ஹாவுக்கு அருகாமையில் அமைந்துள்ள பாடசாலையாகும்.

இன்றைக்கு ஆறு தசாப்தங்களுக்கு முன்னர் கல்முனைக்குடிக் கிராமத்தில் ஆண்கள் பாடசாலையென அழைக்கப்பட்ட அல்-அஷ்ஹர் வித்தியாலயம், மற்றும் பெண்கள் பாடசாலையென அழைக்கப்பட்ட அஸ்-ஸுஹாறா வித்தியாலயம் ஆகிய இரண்டு பாடசாலைகளைத் தவிர வேறு எந்தப் பாடசாலையும் இருக்கவில்லை.

குறிப்பாக கடற்கரையை அண்மித்த சூழலில் வாழுகின்ற மாணவர்கள் கல்வி கற்பதற்காக தூரத்தில் அமைந்திருந்த மேற்படி இரண்டு பாடசாலைகளுக்கும் நடந்து செல்கின்ற நிலைமை இருந்தது.
இந்தக் குறைபாட்டை நிவர்த்தி செய்வதற்காக, இப்பிரதேச பிரமுகர்களான முகம்மது காசிம் தண்டையல், சின்ன உதுமா தண்டையல், வெள்ளவத்தை முகம்மது செயின் தண்டையல், குறிச்சி விதானை எஸ்.எச்.அப்துல் காதிர், மீராமுஹையதீன் ஹாஜியார், கூட்டுறவு பண்டகசாலை முகாமையாளரான எம்.எச்.எம்.அப்துல் காதர், சனசமூக நிலைய காரியதரிசி எம்.எச்.சாஹுல் ஹமீது ஆகியோர், கல்முனைக்குடி மஷூறா தைக்கியாவின் மார்க்கப்பெரியாரும், ஆன்மீகவாதியுமான மெளலானா செய்யது மஷூர் தங்கள்  அவர்களுடன் 1947 டிசம்பர் 3 ஆம் நாள் பொதுக்கூட்டமொன்றை நடாத்தி, இப்பிரதேச சிறார்களின் கல்வி நலனுக்காக பாடசாலையொன்றை அமைப்பது பற்றிய தீர்மானத்தை நிறைவேற்றி, அதற்கான செயற்குழுவையும் தெரிவு செய்தனர்.

இந்த செயற்குழுவின் உதவியுடன் ஒரு ஏக்கர் விஸ்தீரணமுள்ள காணி கொள்வனவு செய்யப்பட்டது. 1948 ஜூன் 25 இல் கல்முனை தேர்தல் தொகுதியின் நாடாளுமன்ற உறுப்பினராக இருந்த இராசவாசல் முதலியார் முகம்மது சம்சுதீன் காரியப்பர் இப்பாடசாலைக்கான அடிக்கல்லை நாட்டினார். 60X20 அடிகள் அளவுள்ளதொரு தற்காலிக ஓலைக்கொட்டில் உடனடியாக அமைக்கப்பட்டு, 40 மாணவர்களுடன் கல்முனைக்குடி கடற்கரைப் பாடசாலை என்னும் பெயரில் பாடசாலை ஆரம்பிக்கப்பட்டது. இதில் முதலாவது அதிபராக பி. சிற்றம்பலம் பணியாற்றினார். பின்னர் அதிபர் வீ. சிவநிருபசிங்கம் அவர்களுடைய காலத்தில் 1948 நவம்பர் 1 இல் பாடசாலைக்கு நிரந்தர கட்டிடம் கிடைத்தது மாத்திரமின்றி அதன் பெயரும் கல்முனக்குடி அரசினர் முஸ்லிம் கலவன் பாடசாலை என மாற்றம் பெற்றது.

1974 ம் ஆண்டு அல்-பஹ்ரியா மகா வித்தியாலயம் என்ற பெயர் மாற்றம் பெற்று, பாடசலைக்கான சின்னம், பாடசாலைக் கொடி, பாடசாலைக் கீதம் ஆகியவை உருவாக்கப்பட்டன.